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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
11/12/2018 |
Data da última atualização: |
05/02/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
MARCELA M. DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUDWIG GEISTLINGER, CPPSE; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; LUIZ L. COUTINHO, USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. |
DOI: |
10.1038/s41598-018-32146-2 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano. |
Conteúdo: |
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species. |
Palavras-Chave: |
DNA bovine; DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189042/1/AP-Comprehensive-Adhemar-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188184/1/ComprehensiveManuallyCurated.pdf
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Marc: |
LEADER 01793naa a2200301 a 4500 001 2102174 005 2019-02-05 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1038/s41598-018-32146-2$2DOI 100 1 $aSOUZA, M. M. de 245 $aA comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors.$h[electronic resource] 260 $c2018 500 $aArticle number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano. 520 $aTranscription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species. 650 $aGene expression regulation 653 $aDNA bovine 653 $aDNA bovino 653 $aExpressão gênica 653 $aGene expression in cattle 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aGEISTLINGER, L. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aTAYLOR, J. F. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aDINIZ, W. J. S. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tScientific Reports$gv. 8, p. 1-12, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 50 | |
4. | | MELLO, S. C.; ROCHA, M. I. P.; GROMBONI, J. G. G.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M. Descrição de novos polimorfismos do tipo SNP no gene da calpastatina em bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá, SP. Resumos... Guarujá: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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5. | | OLIVEIRA, A. de L.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; BUZATTO, V. C.; NICIURA, S. C. M. Estabelecimento de cultura celular primária de mioblastos de bovinos com diferentes genótipos para um SNP no gene CAST: resultados preliminares. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 36. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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6. | | ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. de C.; GROMBONI, J. G. G.; OTSUK, I. P.; NICIURA, S. C. M. Frequência do polimorfismo F200Y no gene da b-tubulina em em rebanhos ovinos do Estado de São Paulo. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 2., 2010, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação Agropecuária: Embrapa Pecuária Sudeste, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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7. | | BUZZATO, V. C.; OLIVEIRA, A. L. de; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. de; NICIURA, S. C. M. Efeitos de sistemas nanoestruturados sobre a expressão gênica em fibroblastos bovinos in vitro In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 5., 2013, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação , 2013. p. 11 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 110). Editado por Ana Rita de Araújo Nogueira, Simone Cristina Méo NiciuraTipo: Resumo em Anais de Congresso |
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8. | | MELLO, S. S.; MÉO, S. C.; GROMBONI, J. G. G.; ROCHA, M. I. P.; VENERONI, G. B. Validação dos resultados de genotipagem por Taqman por meio de sequenciamento de genes relacionados à qualidade da carne bovina. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 18., 2010, São Carlos, SP. Anais ... São Carlos: UFSCar, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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9. | | MELLO, S. S.; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M. Association between P-glycoprotein gene polymorphisms and multidrug resistance in Haemonchus contortus. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., 2012, Brasília, DF. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p.119-120Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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10. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Comparação de diferentes protocolos para visualização de DNA separado por eletroforese em gel de agarose utilizando-se os corantes fluorescentes brometo de etídeo e GelRedr. In: ENCONTRO NACIONAL SOBRE MÉTODOS DOS LABORATÓRIOS DA EMBRAPA, 15., 2010, Pelotas, RS. Novas perspectivas para os laboratórios da Embrapa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; BRESSANI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M. Identificação de polimorfismos no gene da glicoproteína-P (PgP) em Haemonchus contortus: dificuldades técnicas. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 48. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. DE; BUZATTO, V. C.; OLIVEIRA, A. de L.; BRESSANI, F. A.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M. Estudo da metilação de ilhas CpG no gene da calpastatina, relacionado à maciez de carne em bovinos de corte: resultados preliminares. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 37. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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13. | | GROMBONI, J. G. G.; MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M. Expressão relativa dos genes CAPN1, CAST, DGAT e leptina relacionados à maciez de carne e à deposição de gordura em bovinos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 3., 2011, São Carlos. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2011Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | DEA, R. C. D.; CATOIA, V.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Genotipagem de SNPs em genes candidatos a características de interesse comercial em bovinos de corte com sondas de hidrólise. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 32. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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15. | | NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; CRUVINEL, G. G.; FERRACIOLI, C. de M.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. In silico evidence of epigenetic machinery proteins in the nematode Haemonchus contortus. In: MOLECULAR HELMINTHOLOGY: AN INTEGRATED APPROACH, 1., Cape Cod, MA, USA. Proceedings... Cape Cod, MA, USA: Elsevier, 2017. p. 29.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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16. | | CATOIA, V.; TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Tissue-specific differential and preferential allele expression of KCNJ11 in cattle. In: CONFERENCE OF INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS, 33., 2012, Cairns, AU. Abstracts... Cairns: ISAG, 2012 p. 61Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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17. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | NICIURA, S. C. M.; IBELLI, A. M. G.; GOUVEIA, G. V.; GOMBRONI, J. G. G.; ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; MELLO, S. S. de; REGITANO, L. C. de A. Polymorphism and parent-of-origin effects on gene expression of CAST, leptin and DGAT1 in cattle. Meat Science, v. 90, n. 2, p. 507-510, feb. 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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19. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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20. | | BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. Article number: 7321.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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